Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Diş Hekimliği Fakültesi, Veteriner Fakültesi, Sağlık Bilimleri Fakültesi, Tıp Fakültesi ile Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu ve Eğitim Fakültesi’nin Beden Eğitimi ve Spor Bölümünde lisansüstü eğitim vermektedir. Diş Hekimliği alanında başka yükseköğretim kurumları ile ortak yürütülen doktora programı mevcuttur. Bünyesinde; Ağız Diş Çene Hastalıkları ve Cerrahisi, Diş Hastalıkları ve Tedavisi, Endodonti ve Ortodonti Anabilim Dallarında doktora; Ağız Diş ve Çene Radyolojisi (Kırıkkale Ünv.-Ankara Ünv.), Protetik Diş Tedavisi (Kırıkkale Ünv.-Ankara Ünv.), Pedodonti (Kırıkkale Ünv.-Ankara Ünv.) ve Periodontoloji (Kırıkkale Ünv.-Gazi Ünv.) Anabilim Dallarında Ortak Doktora; Mikrobiyoloji (Veteriner), Patoloji (Veteriner), Parazitoloji (Veteriner), Fizyoloji (Veteriner), Cerrahi (Veteriner) ve Hayvan Besleme ve Beslenme Hastalıkları, Beden Eğitimi ve Spor Anabilim Dallarında yüksek lisans ve doktora; Hareket ve Antrenman Bilimleri Anabilim Dalında yüksek lisans programları bulunmaktadır